Utalentowany aktor teatrzyku lalkowego (John Cusack) dostaje pracę zwykłego urzędnika w biurowcu na Manhattanie, na siódmym i pół piętrze. Pewnego dnia odkrywa w pokoju tajne przejście. Gdy próbuje zajrzeć do środka, wsysa go ciemny, mokry tunel. Okazuje się, że jest to... wejście do głowy znanego aktora - Johna Malkovicha. Mężczyzna zaczyna widzieć świat jego oczami.
John Horatio Malkovich (John Malkovich) rzuca karierę aktorską i poświęca się lalkarstwu, by również w tej dziedzinie dowieść swego mistrzostwa. Dlaczego? Bo poznał śliczną Maxine (Catherine Keener), która w chwili miłosnych uniesień nazywa go Lotte. Jak to? Lotte (Cameron Diaz) to imię żony kolegi z pracy, która na Maxine zrobiła ogromne wrażenie. I co on na to? Kolega wściekł się, bo to on, Craig Schwartz (John Cusack), kochał się na zabój w Maxine, a poza tym znalazł sekretne wejście do mózgu Johna Malkovicha. Gdzie? W pracy, na siódmym i pół piętrze pewnego biurowca na Manhattanie. I co z tego wynikło? Pewnego dnia w kolejce do zwiedzania mózgu Malkovicha stanął sam John Malkovich...
Craig Schwartz (John Cusack), utalentowany lalkarz, jest na skraju załamania. Nikt nie docenia jego talentu, a jego małżeństwo przechodzi poważny kryzys. Pod presją swojej żony, Lotte (Cameron Diaz) podejmuje pracę urzędnika na Manhattanie. Jego pokój znajduje się 7 i pół piętrze biurowca. Pewnego dnia okrywa za swoją szafką tajemniczy korytarz. Okazuje się, że jest to... wejście do głowy znanego aktora Johna Malkovicha. Mężczyzna zaczyna widzieć świat jego oczami.